Theo nhiều tài liệu thì chùa Long Khánh được xây dựng từ năm 1715. Trải qua nhiều thăng trầm của thời gian và lịch sử, kiến trúc ban đầu của chùa Long Khánh không còn. Chùa Long Khánh hiện tại là kiến trúc của hai lần trùng tu năm 1956 và 1972.

Nhìn tổng thể, chùa Long Khánh có kiến trúc hình chữ “Khẩu” mang hơi hướng của kiểu chùa của người Hoa ở miền Nam.

Tam quan của chùa Long Khánh được xây bằng đá xanh, lợp mái ngói âm dương, ở giữa có cổ lầu nơi đây có tượng Bạch y Quán Thế Âm. Đi qua tam quan là một khuông đất rộng, nơi đây đặt tượng A Di Đà cao 17m đứng trên tòa sen được xây bằng đá xanh, phía sau là hồ sen, xung quanh cây xanh tạo nên một không gian tĩnh mịch, trang nghiêm.

Chánh điện của chùa Long Khánh có kiến trúc “tiền đường hậu tẩm” gồm có hai nhà ngói nằm ngang, mái liền được xây trên nền cao hơn 1,5 mét, ba mặt còn lại đều có hè rộng hơn 2 mét.

Tiền đường dài hơn 8 mét, hai mái lợp bằng ngói nung, cao hơn 7 mét, trên nóc được đúc hai con rồng chầu. Tiền đường có 3 cửa đều được làm từ gỗ quý được khắc tên hiệu ngôi chùa sơn son thiếp vàng rất đẹp.

Hậu điện nối liền phía sau dài 8 mét, rộng hơn 6 mét, mái chồng diêm, trên nóc cũng đươc gắn tượng rồng chầu. Tại hậu điện có tượng đồng đức Thế Tôn cao 1,5 mét nặng hơn 1200 kg.

Nằm liền kề tiền đường, bên trái là lầu chuông cao 7 mét, được xây bằng đá xanh, nơi đây có treo một chuông đồng cao 1,7 mét nặng hơn 700kg. Đối xứng, bên phải cũng có lầu trống treo chiếc trống cao 1,5 mét.

Đi theo hướng lầu tống sẽ bắt gặp động đá nơi có tượng gỗ của Diện Nhiên Đại Sĩ cao 1,5 mét đầy nét cổ kính, uy phong. Bên cạnh đó là tượng Quán Thế Âm nghìn mắt nghìn tay, ai bên tả hữu là Đức Địa Tạng Bồ tát và Hộ pháp Vi Đà.

Với kiến trúc độc đáo, chùa Long Khánh giờ đây không chỉ là trung tâm Phật giáo của Bình Định mà còn là điểm đến du lịch, vãn cảnh ấn tượng của nhiều khách du lịch, trong các hành trình du lịch Bình Định.